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Build Fat Jar 的时候在 Clas-Path 中填入需要引用的第三方 jar 包，如下图：

点击下一步，只勾选自己的项目，其它第三方包都不要勾选，否则混淆会出现问题。

点击 Finish 之后会生成 jar 包，然后将需要的包拷贝到生成的 jir 包所在位置，要保持相对路径不变。

启动 proguard。

在 input/output 中选择所有引用的 Jar 包，包括 jdk 的。

切换到“Process”选项卡，点击Process按钮即可。

另外，混淆之后一定要手工测试一下，可能混淆之后出现无法运行的情况。